Sau khi bị lật đổ bởi các tướng lĩnh dưới quyền ngày 1 tháng 11 năm 1963, Ngô Đình Diệm cùng em trai – cố vấn Ngô Đình Nhu lánh nạn tại nhà thờ Cha Tam, sáng ngày hôm sau Diệm cùng với Nhu gọi điện và ra hàng lực lượng đảo chính. Hai anh em Diệm Nhu bị đại úy Nguyễn Văn Nhung giết bằng lưỡi lê và súng lục trong chiếc xe bọc thép M113, theo lệnh của tướng Dương Văn Minh, khi chiếc xe đang trên đường tới Bộ Tổng tham mưu Quân lực Việt Nam Cộng hòa.
Theo chứng nhận của bác sĩ Huỳnh Văn Hưỡn, là người đã tiến hành vụ khám nghiệm thì anh em Diệm – Nhu bị bắn từ sau gáy ra phía trước. Xác Ngô Đình Diệm có nhiều vết bầm, chứng tỏ đã bị hành hung trước khi bị bắn. Xác Ngô Đình Nhu thì bị đâm nhiều nhát, áo rách nát và đầy máu.
Tài liệu của phía Hoa Kỳ cho biết ông Diệm và ông Nhu được chôn trong những ngôi mộ không tên trong một nghĩa trang bên cạnh ngôi nhà của đại sứ Hoa Kỳ.[146] Sau này tìm hiểu, thì ông Diệm và ông Nhu được chôn ở nghĩa trang Mạc Đĩnh Chi (vị trí ở đường Điện Biên Phủ cắt với đường Hai Bà Trưng, ngày nay là Công viên Lê Văn Tám). Áo quan của Ngô Đình Diệm hình hộp, áo quan của Ngô Đình Nhu có nắp tròn. Một nhân chứng thời kỳ này giải thích vì người thân của hai ông đi mua vội quan tài nên chỉ mua được một chiếc hạng tốt dành cho ông Diệm, còn chiếc hạng vừa dành cho ông Nhu.
Trong khoảng thập niên 1980, do nhu cầu phát triển đô thị trong nội đô Sài Gòn, nghĩa trang Mạc Đĩnh Chi được di dời về nghĩa trang Lái Thiêu (Nghĩa trang Nhân dân số 6B) ngày nay. Hiện tại, mộ ông Diệm và ông Nhu chính thức đặt tại nghĩa trang Lái Thiêu[147]. Mộ hai ông nằm hai bên mộ mẹ – bà Phạm Thị Thân. Ngoài ra, mộ ông Ngô Đình Cẩn cũng được dời về gần đó. Mộ hai ông ban đầu không có tên mà chỉ ghi tên thánh và “Huynh” (chỉ ông Diệm) hoặc “Đệ” (ông Nhu), sau đó, theo đề nghị của một số người, mộ đã được đề đích danh.
@ Theo Wikipedia